Државниот архив на Република Македонија е формиран во 1951 година. Од 1926 до 1941 година функционира Државен архив под непосредно раководство на Државната архива на Србија од Белград.
Потребата од прибирање и заштита на архивската граѓа дојде до израз додека се уште траеше Втората светска војна, кога на 3 мај 1945 година Министерството за народна просвета ја обелоденува намерата за формирање на Архив на Нароослободителното движење на Македонија во состав на Народната библиотека во Скопје.
Во 1969 година бил изграден и првиот наменски објект на Архивот на Македонија
Оваа иницијатива не е реализирана поради низа причини, но набрзо потоа, со решение бр. 2543 од 31 мај 1946 година Министерството за народна просвета на НР Македонија формира комисија за прибирање на архивска граѓа. Комисијата развила активности во ангажирањето на просветни работници за извршување на задачите околу иницирање и прибирање на архивска граѓа. Ваквиот начин на работа не можел да вроди со плод. Кон оваа дејност активно ќе пристапат во 1946 и 1947 година новооснованиот филозофски факултет и Институт за национална историја.
Во 1949 година при Централниот комитет на Комунистичката партија на Македонија е формиран Историски архив со задача да се бира и обработува архивски и мемоарски материјал во врска со работничкото движење, Народноослободителната војна и Комунистичката партија на Македонија. Фондовите што се чуваа во овој Архив денес се во депоата на Архивот на Македонија.
Донесувањето општ закон за државните архиви во Југославија во 1950 година, беше основа на 6 Јануари, 1951 година Народното собрание на НР Македонија да го усвои Законот за државните архиви со кој на 1 Април беше поставено и создавањето на Архивот на Македонија (тогаш Државен архив на НР Македонија).
Првиот, во Република Македонија, нормативен акт од областа на архивското законодавство не само што го постави формирањето на Архивот на Македонија и неговите задачи, туку одреди и формирање на повеќе регионални архиви и архиви во состав со цел што поинтезивно да се собира, чува, заштитува и обработува архивскиот материјал кој се создава во институциите на новата држава, а уште повеќе да се зафатат кон собирање и заштита на архивски материјал што ќе послужи за проучување на историјата на македонскиот народ.
Во периодот од 1953 до 1960 година основани се и отпочнуваат со работа и девет регионални историски архиви кои во 1990 година со новиот Закон на архивската граѓа влегува во составот на Архивот на Македонија како подрачни единици, и тоа: Битола, Куманово, Охрид, Прилеп(1955),Скопје, Струмица, Тетово, Тито Велес и Штип.
